اداره امور بندری و امور دریایی بازرگانی کشور.

ایجاد و تکمیل و توسعه ساختمانها و تاسیسات و تعمیرگاههای بندری و دریایی بازرگانی و وسائل و تجهیزات مربوطه و بهره برداری ار آنها. 

تنظیم امور مربوط به راهنمایی کشتیها با تصویب شواریعالی سازمان. 

اداره امور تخلیه و بارگیری و حمل ونقل کالا در محوطه بنادر و انبار داری در بنادر کشور ( بنادری که سازمان دارای اداره یا شعبه است) .

اداره شبکه های مخابراتی ( رادیویی، تلگرافی، تلفنی، تله تایپ و غیره) در دریا و خشکی برای تماس با کشتیها و بنادر تابعه و تهیه و تأمین وسائل مربوطه با همکاری وزارت پست و تلگراف وتلفن. 

نظارت کامل در مور کشتیرانی ساحلی و بازرگانی و مجاهدت در توسعه آنها و تأمین ایمنی عبور و مرور نجام هر نوع اقدامی که در پیشرفت و توسعه فعالیت کشتیرانیهای بازرگانی و ساحلی لازم است. 

اداره و برقرار نمودن علائم و وسائل روشنایی دریایی و رودخانه ای برای تأمین ایمنی عبور و مرور کشتیها و شناورها. 

ثبت کشتیها و شناورهای بازرگانی و تفریحی و غیره  دارای تابعیت کشور و اجرای مقررات مربوطه. 

اعطای گواهینامه های صلاحیت فنی، دریایی و غیره به افراد واحدهای دریایی طبق مقررات مربوطه. 

اوصول حقوق و عوارض بندری، رودخانه ای و حق تخلیه و بارگیری و باربری و انبارداری و سایر درآمدهایی که بر طبق مقررات مربوط به وسیله سازمان یا سایر سازمانهای دولتی برای سازمان وصول می شود. 

اجرای قانون دریایی ایران و انجام وظایف مقرر در قانون راجع به اجازه تأسیس سازمان بنادر و کشتیرانی و سایر قوانین مربوط. تعیین نحوه استفاده و نرخ بهره برداری ار تأسیسات و تجهیزات بندری و اموال منقول و غیر منقول سازمان و اجرای آن پس از تصویب شواریعالی. 

تحقیق و مطالعه در امور بندری و دریایی و کشتیرانی بازرگانی. 

تهیه و تنظیم برنامه سال بعد و همچنین برنامه های دراز مدت و اجرای آنها پس از تصویب شواریعالی سازمان. 

بررسی طرح موافقت نامه ها و قراردادهای بین المللی مربوط به امور بنادر و کشتیرانی و دریانوردی بازرگانی جهت تقدیم به مراجع مربوطه. 

شرکت در کنفرانسها و مجامع بین المللی مربوط به بنادر و کشتیرانی. 

تعیین منطقه آزاد درصورت لزوم وتهیه مقررات و شرایط استفاده از آن با موافقت شورایعالی سازمان و تصویب مجلس شورای اسلامی. 

در اختیارگرفتن و اداره خطوط راه آهن از سوزن ورودی تا سوزن خروجی محوطه بندر و همچنین دارا بودن واگنها و لکودیزلهاو وسائل مربوط به آنهاو وسائل ضروری دیگر جهت تأمین تخلیه و بارگیری برای حمل به انبارهای سرباز و سرپوشیده. 

تأسیس آموزشگاه تعلیم راهنمایان و یا کارکنان دریانوردی بازرگانی و اعزام دانشجو برای تحصیل در رشته های تخصصی به خارج از کشور با توجه به احتیاجات سازمان. 

صدور اجازه تأسیس اسکله و سایر تأسیسات و تجهیزات ضمن تصویب طرح مربوط با داشتن حق نظارت در اجرا و بهره برداری. 

صدرو اجازه تأسیس دفتر، خانه ملوانان، رستوران و انبار و سایر تأسیسات لازم به درخواست متقاضیان صلاحیتدار، سازمان می تواندبا توجه به امکانات خود در بنادر، زمین برای تأسیسات مزبور از طریق اجاره واگذارنماید. 

واگذاری آن قسمت از خدمات سازمان که انجام آن از طرف بخش خصوصی به صرفه وصلاح می باشد به موسسات خصوصی واجد صلاحیت. 

اهتمام در پایین آوردن نرخ کرایه حمل کالا به بنادر ایران با تجهیزات بنادر و تسریع در امر تخلیه و بارگیری و از بین بردن مدت انتظار نوبت کشتیها به منظور کمک به اقتصاد کشور.